מתכלות ביולוגית
בשל הנפח הגדול של חומרים פעילי שטח המשתחררים לסביבה, הפירוק הביולוגי שלהם משך תשומת לב. חלק מחומרי השטח יכולים להתפרק בתנאים אירוביים, אך חלקם עלולים להתפרק כדי לייצר משבשים אנדוקריניים כגון נונילפנול. המחקר על חומרים פעילי שטח מתכלים קידם את הפיתוח של "חומרי שטח ביולוגיים".
סיכון סביבתי
בריכוזים גבוהים יחסית, חומרים פעילי שטח עלולים להוות סיכונים סביבתיים בשילוב עם מספר מתכות, אך בריכוזים נמוכים, סביר להניח שליישום שלהם לא תהיה השפעה משמעותית על קצב הנדידה של מתכות קורט. לדוגמה, בדליפת הנפט של Deepwater Horizon, החומרים הפעילים ב-Corexit, כגון סודיום דיוקטיל סולפוסוצ'ינט (DOSS), סורביטול מונוולאט (Span80) ופוליאוקסיאתילן סורביטול מונוולאט (Tween-80), רוססו בכמויות גדולות לתוך אתר הדליפה ומשטח מי הים כדי לעזור להקל על עיכול הנפט, אך גם העלו חששות לגבי ההשפעה הסביבתית שלהם.